<div dir="ltr">I&#39;ve seen this before myself.  Make sure the  &#39;ENABLE_ADDGRP_KILL=TRUE&#39;  option is set on your <span class="">SGE</span> configuration, &#39;qconf -sconf&#39; | grep execd_params<br><br><br><div class=""><div id=":ot" class="" tabindex="0"><img class="" src="https://ssl.gstatic.com/ui/v1/icons/mail/images/cleardot.gif"></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jun 18, 2015 at 5:37 PM, David Koppstein <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:david.koppstein@gmail.com" target="_blank">david.koppstein@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Thanks. I&#39;ve used qdel -f in the past and it&#39;s very useful. <span style="font-size:13.1999998092651px;line-height:19.7999992370605px">Again, sorry for not being more specific</span> -- the issue I&#39;m having is that after I use qdel and can verify the job is no longer in the queue using qstat, the process is still running when I login to the node and do ps -ef. <br><div><br></div><div>It could be that there is some problem with the process that causes it to hang, but I would still expect that doing qdel would kill the process -- I have to login to the nodes and kill them myself. </div></div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Thu, Jun 18, 2015 at 5:33 PM Jacob Barhak &lt;<a href="mailto:jacob.barhak@gmail.com" target="_blank">jacob.barhak@gmail.com</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><p dir="ltr">Hi David, </p>
<p dir="ltr">There is a qdel force delete option you can run as an administrator to help the situation. Check out the -f option in the qdel man page for details.  </p>
<p dir="ltr">However, in some cases there may be issues with qdel. Some reported in this list. If you have dependencies,  it may complicate deletion, and I found myself restarting machines to clear out deleted jobs, and deleting specific jobs by number one at a time, especially jobs that depend on many others - those should be deleted first. </p>
<p dir="ltr">Hopefully, this will give you some ideas to try. </p>
<p dir="ltr">             Jacob</p>
<div class="gmail_quote">On Jun 18, 2015 9:16 AM, &quot;David Koppstein&quot; &lt;<a href="mailto:david.koppstein@gmail.com" target="_blank">david.koppstein@gmail.com</a>&gt; wrote:<br type="attribution"></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello, <div><br></div><div>I recently noticed that a lot of processes are still running on the compute nodes, even after I delete them using qdel. Is there a way to prevent this from happening? </div><div><br></div><div>Thanks, </div><div>David</div></div>
<br></blockquote></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">_______________________________________________<br>
StarCluster mailing list<br>
<a href="mailto:StarCluster@mit.edu" target="_blank">StarCluster@mit.edu</a><br>
<a href="http://mailman.mit.edu/mailman/listinfo/starcluster" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.mit.edu/mailman/listinfo/starcluster</a><br>
<br></blockquote></div></blockquote></div>
</div></div><br>_______________________________________________<br>
StarCluster mailing list<br>
<a href="mailto:StarCluster@mit.edu">StarCluster@mit.edu</a><br>
<a href="http://mailman.mit.edu/mailman/listinfo/starcluster" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.mit.edu/mailman/listinfo/starcluster</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>