<font size=2 face="sans-serif">The shell environment has not been modified,
though I did seem to leave off the first two lines of the error on my last
email:</font>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">-bash: module: line 1: syntax error:
unexpected end of file</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">-bash: error importing function definition
for `BASH_FUNC_module'</font>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">After some digging around, it appears
it might be related to the ShellShock updates: &nbsp;</font><a href="https://rc.fas.harvard.edu/shellshock-update-issue-temporarily-affecting-slurm-jobs-software-modules/"><font size=2 color=blue face="sans-serif">here</font></a><font size=2 face="sans-serif">
and </font><a href="https://kb.brightcomputing.com/faq/index.php?action=artikel&amp;cat=2&amp;id=239&amp;artlang=en"><font size=2 color
=blue face="sans-serif">here</font></a><font size=2 face="sans-serif">.
&nbsp;</font>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">If it were, what would be the best way
to address?</font>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br><font size=1 color=#5f5f5f face="sans-serif">From: &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp;</font><font size=1 face="sans-serif">Rayson Ho &lt;raysonlogin@gmail.com&gt;</font>
<br><font size=1 color=#5f5f5f face="sans-serif">To: &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp;</font><font size=1 face="sans-serif">Stephen Smith &lt;stephen.smith@electrolux.com&gt;</font>
<br><font size=1 color=#5f5f5f face="sans-serif">Cc: &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp;</font><font size=1 face="sans-serif">&quot;starcluster@mit.edu&quot;
&lt;starcluster@mit.edu&gt;</font>
<br><font size=1 color=#5f5f5f face="sans-serif">Date: &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp;</font><font size=1 face="sans-serif">11/17/2014 03:38 PM</font>
<br><font size=1 color=#5f5f5f face="sans-serif">Subject: &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp;</font><font size=1 face="sans-serif">Re: [StarCluster]
SGE Execution errors - Ubuntu 12.04 Official</font>
<br>
<hr noshade>
<br>
<br>
<br><font size=3>Are starenv &amp; remove_doubleqoutes the bash functions
defined in your shell environment?</font>
<br>
<br><font size=3>Rayson<br>
<br>
=========================
=========================<br>
Open Grid Scheduler - The Official Open Source Grid Engine</font><font size
=3 color=blue><u><br>
</u></font><a href=http://gridscheduler.sourceforge.net/ target=_blank><font size=3 color=blue><u>http://gridscheduler.sourceforge.net/</u></font></a><font size=3 color=blue><u><br>
</u></font><a href=http://gridscheduler.sourceforge.net/GridEngine/GridEngineCloud.html target=_blank><font size=3 color=blue><u>http://gridscheduler.sourceforge.net/GridEngine/GridEngineCloud.html</u></font></a>
<br>
<br><font size=3>On Mon, Nov 17, 2014 at 2:06 PM, Stephen Smith &lt;</font><a href=mailto:stephen.smith@electrolux.com target=_blank><font size=3 color=blue><u>stephen.smith@electrolux.com</u></font></a><font size
=3>&gt;
wrote:</font>
<br><font size=3 face="sans-serif">Hello,</font><font size=3> <br>
</font><font size=3 face="sans-serif"><br>
I'm getting the following errors when submitting a job to SGE via qsub.&nbsp;
I'm running the 12.04 Ubuntu starcluster AMI, modified only with the installation
of the software I would like to run.&nbsp; I received these same errors
with a CentOS7 AMI I built from scratch as well - I'm not sure what I'm
missing.&nbsp; Any thoughts as to the cause?</font><font size=3> <br>
</font><font size=3 face="sans-serif"><br>
/opt/sge6/default/spool/exec_spool_local/node001/job_scripts/1: line 11:
/opt/sge6/default/spool/exec_spool_local/node001/job_scripts/starenv: No
such file or directory</font><font size=3> </font><font size=3 face="sans-serif"><br>
/opt/sge6/default/spool/exec_spool_local/node001/job_scripts/1: line 24:
reset_env: command not found</font><font size=3> </font><font size=3 face="sans-serif"><br>
/opt/sge6/default/spool/exec_spool_local/node001/job_scripts/1: line 28:
init_timers: command not found</font><font size=3> </font><font size=3 face="sans-serif"><br>
/opt/sge6/default/spool/exec_spool_local/node001/job_scripts/1: line 29:
start_finetimer: command not found</font><font size=3> </font><font size=3 face="sans-serif"><br>
/opt/sge6/default/spool/exec_spool_local/node001/job_scripts/1: line 33:
stop_timer: command not found</font><font size=3> </font><font size=3 face="sans-serif"><br>
/opt/sge6/default/spool/exec_spool_local/node001/job_scripts/1: line 39:
remove_doublequotes: command not found</font><font size=3> </font><font size=3 face="sans-serif"><br>
/opt/sge6/default/spool/exec_spool_local/node001/job_scripts/1: line 39:
remove_doublequotes: command not found</font><font size=3> </font><font size=3 face="sans-serif"><br>
/opt/sge6/default/spool/exec_spool_local/node001/job_scripts/1: line 39:
remove_doublequotes: command not found</font><font size=3> </font><font size=3 face="sans-serif"><br>
/opt/sge6/default/spool/exec_spool_local/node001/job_scripts/1: line 39:
remove_doublequotes: command not found</font><font size=3> </font><font size=3 face="sans-serif"><br>
/opt/sge6/default/spool/exec_spool_local/node001/job_scripts/1: line 39:
remove_doublequotes: command not found</font><font size=3> </font><font size=3 face="sans-serif"><br>
/opt/sge6/default/spool/exec_spool_local/node001/job_scripts/1: line 39:
remove_doublequotes: command not found</font><font size=3> </font><font size=3 face="sans-serif"><br>
/opt/sge6/default/spool/exec_spool_local/node001/job_scripts/1: line 39:
remove_doublequotes: command not found</font><font size=3> </font><font size=3 face="sans-serif"><br>
/opt/sge6/default/spool/exec_spool_local/node001/job_scripts/1: line 39:
remove_doublequotes: command not found</font><font size=3> </font><font size=3 face="sans-serif"><br>
/opt/sge6/default/spool/exec_spool_local/node001/job_scripts/1: line 39:
remove_doublequotes: command not found</font><font size=3> </font><font size=3 face="sans-serif"><br>
/opt/sge6/default/spool/exec_spool_local/node001/job_scripts/1: line 39:
remove_doublequotes: command not found</font><font size=3> </font><font size=3 face="sans-serif"><br>
/opt/sge6/default/spool/exec_spool_local/node001/job_scripts/1: line 39:
remove_doublequotes: command not found</font><font size=3> </font><font size=3 face="sans-serif"><br>
/opt/sge6/default/spool/exec_spool_local/node001/job_scripts/1: line 39:
remove_doublequotes: command not found</font><font size=3> </font><font size=3 face="sans-serif"><br>
/opt/sge6/default/spool/exec_spool_local/node001/job_scripts/1: line 39:
remove_doublequotes: command not found</font><font size=3> </font><font size=3 face="sans-serif"><br>
/opt/sge6/default/spool/exec_spool_local/node001/job_scripts/1: line 39:
remove_doublequotes: command not found</font><font size=3> </font><font size=3 face="sans-serif"><br>
/opt/sge6/default/spool/exec_spool_local/node001/job_scripts/1: line 81:
start_timer: command not found</font><font size=3> </font><font size=3 face="sans-serif"><br>
/opt/sge6/default/spool/exec_spool_local/node001/job_scripts/1: line 93:
substitute_spaceescape: command not found</font><font size=3> </font><font size=3 face="sans-serif"><br>
/opt/sge6/default/spool/exec_spool_local/node001/job_scripts/1: line 93:
substitute_spaceescape: command not found</font><font size=3> </font><font size=3 face="sans-serif"><br>
/opt/sge6/default/spool/exec_spool_local/node001/job_scripts/1: line 93:
substitute_spaceescape: command not found</font><font size=3> </font><font size=3 face="sans-serif"><br>
/opt/sge6/default/spool/exec_spool_local/node001/job_scripts/1: line 93:
substitute_spaceescape: command not found</font><font size=3> </font><font size=3 face="sans-serif"><br>
/opt/sge6/default/spool/exec_spool_local/node001/job_scripts/1: line 93:
substitute_spaceescape: command not found</font><font size=3> </font><font size=3 face="sans-serif"><br>
/opt/sge6/default/spool/exec_spool_local/node001/job_scripts/1: line 93:
substitute_spaceescape: command not found</font><font size=3> </font><font size=3 face="sans-serif"><br>
/opt/sge6/default/spool/exec_spool_local/node001/job_scripts/1: line 93:
substitute_spaceescape: command not found</font><font size=3> </font><font size=3 face="sans-serif"><br>
/opt/sge6/default/spool/exec_spool_local/node001/job_scripts/1: line 93:
substitute_spaceescape: command not found</font><font size=3> </font><font size=3 face="sans-serif"><br>
/opt/sge6/default/spool/exec_spool_local/node001/job_scripts/1: line 93:
substitute_spaceescape: command not found</font><font size=3> </font><font size=3 face="sans-serif"><br>
/opt/sge6/default/spool/exec_spool_local/node001/job_scripts/1: line 93:
substitute_spaceescape: command not found</font><font size=3> <br>
<br>
</font><font size=3 face="sans-serif"><br>
Thanks in advance,</font><font size=3> </font><font size=3 face="sans-serif"><br>
Stephen</font><font size=3><br>
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_________________________
______________________<br>
StarCluster mailing list</font><font size=3 color=blue><u><br>
</u></font><a href=mailto:StarCluster@mit.edu><font size=3 color=blue><u>StarCluster@mit.edu</u></font></a><font size=3 color=blue><u><br>
</u></font><a href=http://mailman.mit.edu/mailman/listinfo/starcluster target=_blank><font size=3 color=blue><u>http://mailman.mit.edu/mailman/listinfo/starcluster</u></font></a><font size=3><br>
</font>
<br>
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