
<HTML><BODY style="word-wrap: break-word; -khtml-nbsp-mode: space; -khtml-line-break: after-white-space; ">I have a use for genome accession numbers as well.а How would the biblio extension work though?а The full genome record is obviously huge - would it display the top few lines of the record, with links to the full record?<DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Cheers,</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Julius</DIV><DIV><BR><DIV> <SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><DIV>---------------------------------------------------------------------------------------</DIV><DIV>Please Reply to My Permanent Address: <A href="mailto:julius@younglucks.com">julius@younglucks.com</A></DIV><DIV><A href="http://www.openwetware.org/wiki/User:Julius_B._Lucks">http://www.openwetware.org/wiki/User:Julius_B._Lucks</A></DIV><DIV>----------------------------------------------------------------------------------------</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><BR class="Apple-interchange-newline"></SPAN></SPAN></SPAN></SPAN></SPAN> </DIV><BR><DIV><DIV>On Oct 9, 2007, at 7:38 PM, Tom Knight wrote:</DIV><BR class="Apple-interchange-newline"><BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica">The accession number is what is normally listed in journal articles.<SPAN class="Apple-converted-space">а </SPAN>Version numbers are usually ignored, with the latest version being accessed.</FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica">You probably *do* want to handle genome accession numbers, which have a different format, such as NC_006055.</FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica">We may want support for EMBL and DDBJ numbers as well.<SPAN class="Apple-converted-space">а </SPAN>What do people think?</FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica">On Oct 9, 2007, at 6:55 PM, Bill F wrote:</FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><BR></DIV> <BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT face="Helvetica" size="4" style="font: 14.0px Helvetica"><B>Accession Numbers and NCBI Lookup for Biblio Extension to OpenWetWare</B></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica">I'm looking into adding GenBank Accession Number lookup, a feature which has been mentioned in the past. To do this, I need to know what the set of information from GenBank would be that people would like to see available.<SPAN class="Apple-converted-space">а</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica">This is a cop of the the current comment on the Software/Features page:</FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica">(</FONT><FONT face="Helvetica" size="3" color="#0000ee" style="font: 12.0px Helvetica; color: #0000ee"><B><A href="http://openwetware.org/wiki/OpenWetWare:Software/Feature_requests">http://openwetware.org/wiki/OpenWetWare:Software/Feature_requests</A> </B></FONT><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica">)</FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica"><SPAN class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </SPAN>Х <SPAN class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </SPAN>Initially, this might be just an extension to Biblio to allow referencing by accession number. Eventually, this could pull in info from databases.</FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica"><SPAN class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </SPAN>Х <SPAN class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </SPAN>See also </FONT><FONT face="Helvetica" size="3" color="#0000ee" style="font: 12.0px Helvetica; color: #0000ee"><A href="http://blogs.nature.com/wp/nascent/2007/07/scientific_blogging_p">http://blogs.nature.com/wp/nascent/2007/07/scientific_blogging_p</A></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica">NCBI has an example of the full record they maintain:</FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica">ааааааааааааааааааааааа </FONT><FONT face="Helvetica" size="3" color="#0000ee" style="font: 12.0px Helvetica; color: #0000ee"><B><A href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sitemap/samplerecord.html">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sitemap/samplerecord.html</A></B></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica">Would a pointer to a similar page for a specific accession number be what's needed?<SPAN class="Apple-converted-space">а</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica">The actual accession number for the example record is:<SPAN class="Apple-converted-space">а</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica"><B>"U49845".<SPAN class="Apple-converted-space">а</SPAN></B></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica">There's an additional version number on he next line:</FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica"><B>"U49845.1 GI:1293613".</B></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica"><SPAN class="Apple-converted-space">а</SPAN>Does the version number generally get used in citations or is the Accession Number adequate?</FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica">Using the Accession number, I can point the Biblio reference to the NCBI page (similar to the example) for that particular number. Is the version number also needed?<SPAN class="Apple-converted-space">а</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica">Thanks.</FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica">Bill Flanagan</FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica">OpenWetWare.org</FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica">_______________________________________________</FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica">OpenWetWare Steering Committee Mailing List</FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica"><A href="mailto:sc@openwetware.org">sc@openwetware.org</A></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica"><A href="http://mailman.mit.edu/mailman/listinfo/oww-sc">http://mailman.mit.edu/mailman/listinfo/oww-sc</A></FONT></DIV> </BLOCKQUOTE><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">_______________________________________________</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">OpenWetWare Steering Committee Mailing List</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><A href="mailto:sc@openwetware.org">sc@openwetware.org</A></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><A href="http://mailman.mit.edu/mailman/listinfo/oww-sc">http://mailman.mit.edu/mailman/listinfo/oww-sc</A></DIV> </BLOCKQUOTE></DIV><BR></DIV></BODY></HTML>