
<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">Hello,<div><br></div><div>I’m trying to run MISO on my RNA-seq libraries aligned with JAGuaR (Junction Alignments to Genome for RNA-Seq Reads).</div><div>I keep running to following error:</div><div>"Error: No GFF %s" %(gff_index_filename)”</div><div><br></div><div>I have installed all the modules. I’m also using the GFF files that is provided on MISO documentation page. This is a mouse data, aligned to mm10.</div><div><br></div><div>Here is my full command:</div><div><br></div><div><br></div><div><div style="margin: 0px; font-size: 14px; font-family: Menlo;">miso --run indexed/ test_chr.bam --output-dir testOutPut/ --read-len 75 --paired-end 300 20</div></div><div style="margin: 0px; font-size: 14px; font-family: Menlo;"><br></div><div style="margin: 0px; font-size: 14px; font-family: Menlo;"><br></div><div>I was wondering if you can help me in addressing this issue?</div><div><br></div><div>Thank you,</div><div><br></div><div>Ali</div><div><br></div></body></html>