<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">MISO calculates PSI for the alternative splicing events (gff) provided by user. Each BAM can result in events which are not annotated. How MISO takes care of it. If I have my own gtf file generated for a specific BAM using cufflinks suite, how can I extract different types of events eg. A3SS. A5SS, SE, RI etc and covert in the format required by MISO. Please advise me. Your response is highly appreciated.<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Best,<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Anil<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div></div>