<div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Dear Yarden,<br><br></div>I have a question regarding paired end versus single end options. I have paired end libraries and I use the annotation files that are provided in Miso webpage. <br><br></div>As suggested in the documentation (possibility of missing events having short length in paired end mode), I tried both single end and paired end modes. I realized that single end mode could detect more events with a descent overlap with paired end results (considering diff cutoff of 0.1 for both options)<br><br></div>However, when I check the events that are detected in paired-end mode but not in single end mode, I find that they have big bayes factors, but the difference in PSIs is small. It mostly happens for regions where there is a huge difference between isoform lengths (isoform1 vs. isoform2). Please have a look at the two examples below:<br>--------------------------------------------------<br></div><div>Example 1:<br></div><div>annotation:<br>chrX    ALE    gene    54094757    54200579    .    -    .    ID=54954@uc004dta.2@uc004dsz.2;Name=54954@uc004dta.2@uc004dsz.2;gid=54954@uc004dta.2@uc004dsz.2<br>chrX    ALE    mRNA    54094757    54099720    .    -    .    ID=54954@uc004dta.2@uc004dsz.2.B;Parent=54954@uc004dta.2@uc004dsz.2;Name=54954@uc004dta.2@uc004dsz.2.B;gid=54954@uc004dta.2@uc004dsz.2<br>chrX    ALE    exon    54094757    54099720    .    -    .    ID=54954@uc004dta.2@uc004dsz.2.B.0;Parent=54954@uc004dta.2@uc004dsz.2.B;Name=54954@uc004dta.2@uc004dsz.2.B.0;gid=54954@uc004dta.2@uc004dsz.2<br>chrX    ALE    mRNA    54200222    54200579    .    -    .    ID=54954@uc004dta.2@uc004dsz.2.A;Parent=54954@uc004dta.2@uc004dsz.2;Name=54954@uc004dta.2@uc004dsz.2.A;gid=54954@uc004dta.2@uc004dsz.2<br>chrX    ALE    exon    54200222    54200579    .    -    .    ID=54954@uc004dta.2@uc004dsz.2.A.0;Parent=54954@uc004dta.2@uc004dsz.2.A;Name=54954@uc004dta.2@uc004dsz.2.A.0;gid=54954@uc004dta.2@uc004dsz.2<br><br></div><div>paired end:<br>54954@uc004dta.2@uc004dsz.2    0.98    0.93    1.0    0.42    0.35    0.5    0.56    1000000000000.0    (&#39;54954@uc004dta.2@uc004dsz.2.B.0&#39;, &#39;54954@uc004dta.2@uc004dsz.2.A.0&#39;)    (0,0):1063,(1,0):1494    0:1494    (0,0):603,(0,1):41,(1,0):855    0:855,1:41    chrX    NA    (54094757, 54200222)    (54099720, 54200579)<br><br></div><div>single end:<br>54954@uc004dta.2@uc004dsz.2    1.00    1.00    1.00    0.94    0.93    0.95    0.06    1000000000000.00    &#39;54954@uc004dta.2@uc004dsz.2.B.0&#39;,&#39;54954@uc004dta.2@uc004dsz.2.A.0&#39;    (0,0):2168,(0,1):6,(1,0):30720:3072,1:6    (0,0):1245,(0,1):109,(1,0):1746    0:1746,1:109    chrX    NA    54094757,54200222    54099720,54200579<br><br>----------------------------------------------<br></div><div>Example 2:<br>chr9    ALE    gene    126141933    126164191    .    -    .    ID=57706@uc004boa.1uc004bob.1@uc010mwh.1uc004bny.1uc004bnz.1;Name=57706@uc004boa.1uc004bob.1@uc010mwh.1uc004bny.1uc004bnz.1;gid=57706@uc004boa.1uc004bob.1@uc010mwh.1uc004bny.1uc004bnz.1<br>chr9    ALE    mRNA    126141933    126144904    .    -    .    ID=57706@uc004boa.1uc004bob.1@uc010mwh.1uc004bny.1uc004bnz.1.B;Parent=57706@uc004boa.1uc004bob.1@uc010mwh.1uc004bny.1uc004bnz.1;Name=57706@uc004boa.1uc004bob.1@uc010mwh.1uc004bny.1uc004bnz.1.B;gid=57706@uc004boa.1uc004bob.1@uc010mwh.1uc004bny.1uc004bnz.1<br>chr9    ALE    exon    126141933    126144904    .    -    .    ID=57706@uc004boa.1uc004bob.1@uc010mwh.1uc004bny.1uc004bnz.1.B.0;Parent=57706@uc004boa.1uc004bob.1@uc010mwh.1uc004bny.1uc004bnz.1.B;Name=57706@uc004boa.1uc004bob.1@uc010mwh.1uc004bny.1uc004bnz.1.B.0;gid=57706@uc004boa.1uc004bob.1@uc010mwh.1uc004bny.1uc004bnz.1<br>chr9    ALE    mRNA    126163870    126164191    .    -    .    ID=57706@uc004boa.1uc004bob.1@uc010mwh.1uc004bny.1uc004bnz.1.A;Parent=57706@uc004boa.1uc004bob.1@uc010mwh.1uc004bny.1uc004bnz.1;Name=57706@uc004boa.1uc004bob.1@uc010mwh.1uc004bny.1uc004bnz.1.A;gid=57706@uc004boa.1uc004bob.1@uc010mwh.1uc004bny.1uc004bnz.1<br>chr9    ALE    exon    126163870    126164191    .    -    .    ID=57706@uc004boa.1uc004bob.1@uc010mwh.1uc004bny.1uc004bnz.1.A.0;Parent=57706@uc004boa.1uc004bob.1@uc010mwh.1uc004bny.1uc004bnz.1.A;Name=57706@uc004boa.1uc004bob.1@uc010mwh.1uc004bny.1uc004bnz.1.A.0;gid=57706@uc004boa.1uc004bob.1@uc010mwh.1uc004bny.1uc004bnz.1<br><br><br></div><div>paired end:<br>57706@uc004boa.1uc004bob.1@uc010mwh.1uc004bny.1uc004bnz.1    0.36    0.3    0.44    0.68    0.570.78    -0.32    12557315.78    (&#39;57706@uc004boa.1uc004bob.1@uc010mwh.1uc004bny.1uc004bnz.1.B.0&#39;, &#39;57706@uc004boa.1uc004bob.1@uc010mwh.1uc004bny.1uc004bnz.1.A.0&#39;)    (0,0):552,(0,1):49,(1,0):587    0:587,1:49    (0,0):275,(0,1):17,(1,0):770    0:770,1:17    chr9    NA    (126141933, 126163870)    (126144904, 126164191)<br><br></div><div>single end:<br>57706@uc004boa.1uc004bob.1@uc010mwh.1uc004bny.1uc004bnz.1    0.89    0.88    0.91    0.97    0.960.98    -0.08    1000000000000.00    &#39;57706@uc004boa.1uc004bob.1@uc010mwh.1uc004bny.1uc004bnz.1.B.0&#39;,&#39;57706@uc004boa.1uc004bob.1@uc010mwh.1uc004bny.1uc004bnz.1.A.0&#39;    (0,0):1119,(0,1):148,(1,0):1228    0:1228,1:148(0,0):523,(0,1):50,(1,0):1605    0:1605,1:50    chr9    NA    126141933,126163870    126144904,126164191<br>---------------------------------------------------<br><br></div><div>I am using Miso version 0.4.9. Could you please help me figure out why this happens in single end mode?<br><br></div><div>Thanks,<br></div><div>Alborz<br><br><br></div></div></div>