<div dir="ltr"><div>Hi all,</div><div>I am a new miso user and I run miso like this:</div><div><h2 style="margin-top:0px;font-family:&#39;Roboto Slab&#39;,ff-tisa-web-pro,Georgia,Arial,sans-serif;font-size:24px;color:rgb(64,64,64);background-color:rgb(252,252,252)">Preparing the alternative isoforms annotation</h2></div><div>&quot;</div><div>index_gff --index ensGene.gff3 indexed/<br></div><div>&quot;</div><div><h2 style="margin-top:0px;font-family:&#39;Roboto Slab&#39;,ff-tisa-web-pro,Georgia,Arial,sans-serif;font-size:24px;color:rgb(64,64,64);background-color:rgb(252,252,252)">Computing expression estimates (“Psi” / Ψ values)</h2></div><div><br></div><div>&quot;</div><div><div>miso --run indexed/ ~/mbd1rnaseq/3549WT.genome.sorted.bam --output-dir my_output1/ --paired-end 250 15 --read-len 101 --use-cluster --prefilter</div></div><div>&quot;</div><div>It seems the running is fine, but I got a WARNING:</div><div><br></div>&quot;WARNING: Asked to wait on cluster jobs but cannot parse their job IDs from the cluster submission system.&quot;<br><div>When I check the generated files under&quot;<span style="color:rgb(64,64,64);font-family:Consolas,&#39;Andale Mono WT&#39;,&#39;Andale Mono&#39;,&#39;Lucida Console&#39;,&#39;Lucida Sans Typewriter&#39;,&#39;DejaVu Sans Mono&#39;,&#39;Bitstream Vera Sans Mono&#39;,&#39;Liberation Mono&#39;,&#39;Nimbus Mono L&#39;,Monaco,&#39;Courier New&#39;,Courier,monospace;font-size:12px;line-height:18px">my_sample_output</span>&quot;, I could not find <span style="color:rgb(64,64,64);font-family:Lato,proxima-nova,&#39;Helvetica Neue&#39;,Arial,sans-serif;font-size:16px;line-height:24px;background-color:rgb(252,252,252)">subdirectories by chromosomes:</span></div><pre style="font-family:Consolas,&#39;Andale Mono WT&#39;,&#39;Andale Mono&#39;,&#39;Lucida Console&#39;,&#39;Lucida Sans Typewriter&#39;,&#39;DejaVu Sans Mono&#39;,&#39;Bitstream Vera Sans Mono&#39;,&#39;Liberation Mono&#39;,&#39;Nimbus Mono L&#39;,Monaco,&#39;Courier New&#39;,Courier,monospace;font-size:12px;margin-top:0px;margin-bottom:0px;padding:12px;line-height:1.5;overflow:auto;color:rgb(64,64,64)">like&quot;</pre><pre style="font-family:Consolas,&#39;Andale Mono WT&#39;,&#39;Andale Mono&#39;,&#39;Lucida Console&#39;,&#39;Lucida Sans Typewriter&#39;,&#39;DejaVu Sans Mono&#39;,&#39;Bitstream Vera Sans Mono&#39;,&#39;Liberation Mono&#39;,&#39;Nimbus Mono L&#39;,Monaco,&#39;Courier New&#39;,Courier,monospace;font-size:12px;margin-top:0px;margin-bottom:0px;padding:12px;line-height:1.5;overflow:auto;color:rgb(64,64,64)"><span style="line-height:1.5">  chr1/</span></pre><pre style="font-family:Consolas,&#39;Andale Mono WT&#39;,&#39;Andale Mono&#39;,&#39;Lucida Console&#39;,&#39;Lucida Sans Typewriter&#39;,&#39;DejaVu Sans Mono&#39;,&#39;Bitstream Vera Sans Mono&#39;,&#39;Liberation Mono&#39;,&#39;Nimbus Mono L&#39;,Monaco,&#39;Courier New&#39;,Courier,monospace;font-size:12px;margin-top:0px;margin-bottom:0px;padding:12px;line-height:1.5;overflow:auto;color:rgb(64,64,64)">  chr2/
  ...
  chrX/</pre><pre style="font-family:Consolas,&#39;Andale Mono WT&#39;,&#39;Andale Mono&#39;,&#39;Lucida Console&#39;,&#39;Lucida Sans Typewriter&#39;,&#39;DejaVu Sans Mono&#39;,&#39;Bitstream Vera Sans Mono&#39;,&#39;Liberation Mono&#39;,&#39;Nimbus Mono L&#39;,Monaco,&#39;Courier New&#39;,Courier,monospace;font-size:12px;margin-top:0px;margin-bottom:0px;padding:12px;line-height:1.5;overflow:auto;color:rgb(64,64,64)">&quot;</pre><pre style="font-family:Consolas,&#39;Andale Mono WT&#39;,&#39;Andale Mono&#39;,&#39;Lucida Console&#39;,&#39;Lucida Sans Typewriter&#39;,&#39;DejaVu Sans Mono&#39;,&#39;Bitstream Vera Sans Mono&#39;,&#39;Liberation Mono&#39;,&#39;Nimbus Mono L&#39;,Monaco,&#39;Courier New&#39;,Courier,monospace;font-size:12px;margin-top:0px;margin-bottom:0px;padding:12px;line-height:1.5;overflow:auto;color:rgb(64,64,64)">Instead, I got four folders under &quot;my_sample_output<span style="line-height:1.5">&quot;:</span></pre><pre style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;padding:12px;overflow:auto"><font color="#404040" face="Consolas, Andale Mono WT, Andale Mono, Lucida Console, Lucida Sans Typewriter, DejaVu Sans Mono, Bitstream Vera Sans Mono, Liberation Mono, Nimbus Mono L, Monaco, Courier New, Courier, monospace"><span style="line-height:18px">&quot;</span></font></pre><pre style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;padding:12px;overflow:auto"><font color="#404040" face="Consolas, Andale Mono WT, Andale Mono, Lucida Console, Lucida Sans Typewriter, DejaVu Sans Mono, Bitstream Vera Sans Mono, Liberation Mono, Nimbus Mono L, Monaco, Courier New, Courier, monospace"><span style="line-height:18px">batch-logs
scripts_output
batch-genes
cluster_scripts</span><span style="line-height:1.5"><br></span></font></pre><pre style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;padding:12px;overflow:auto"><font color="#404040" face="Consolas, Andale Mono WT, Andale Mono, Lucida Console, Lucida Sans Typewriter, DejaVu Sans Mono, Bitstream Vera Sans Mono, Liberation Mono, Nimbus Mono L, Monaco, Courier New, Courier, monospace"><span style="line-height:18px">&quot;</span></font></pre><pre style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;padding:12px;overflow:auto"><font color="#404040" face="Consolas, Andale Mono WT, Andale Mono, Lucida Console, Lucida Sans Typewriter, DejaVu Sans Mono, Bitstream Vera Sans Mono, Liberation Mono, Nimbus Mono L, Monaco, Courier New, Courier, monospace"><span style="line-height:18px">Anybody know how to solve this?</span></font></pre><pre style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;padding:12px;overflow:auto"><font color="#404040" face="Consolas, Andale Mono WT, Andale Mono, Lucida Console, Lucida Sans Typewriter, DejaVu Sans Mono, Bitstream Vera Sans Mono, Liberation Mono, Nimbus Mono L, Monaco, Courier New, Courier, monospace"><span style="line-height:18px">Thanks in advance.</span></font></pre><pre style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;padding:12px;overflow:auto"><font color="#404040" face="Consolas, Andale Mono WT, Andale Mono, Lucida Console, Lucida Sans Typewriter, DejaVu Sans Mono, Bitstream Vera Sans Mono, Liberation Mono, Nimbus Mono L, Monaco, Courier New, Courier, monospace"><span style="line-height:18px">Best, Yu</span></font></pre><pre style="font-family:Consolas,&#39;Andale Mono WT&#39;,&#39;Andale Mono&#39;,&#39;Lucida Console&#39;,&#39;Lucida Sans Typewriter&#39;,&#39;DejaVu Sans Mono&#39;,&#39;Bitstream Vera Sans Mono&#39;,&#39;Liberation Mono&#39;,&#39;Nimbus Mono L&#39;,Monaco,&#39;Courier New&#39;,Courier,monospace;font-size:12px;margin-top:0px;margin-bottom:0px;padding:12px;line-height:1.5;overflow:auto;color:rgb(64,64,64)"><br></pre><pre style="font-family:Consolas,&#39;Andale Mono WT&#39;,&#39;Andale Mono&#39;,&#39;Lucida Console&#39;,&#39;Lucida Sans Typewriter&#39;,&#39;DejaVu Sans Mono&#39;,&#39;Bitstream Vera Sans Mono&#39;,&#39;Liberation Mono&#39;,&#39;Nimbus Mono L&#39;,Monaco,&#39;Courier New&#39;,Courier,monospace;font-size:12px;margin-top:0px;margin-bottom:0px;padding:12px;line-height:1.5;overflow:auto;color:rgb(64,64,64)"><br></pre></div>