<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML xmlns:o = "urn:schemas-microsoft-com:office:office"><HEAD>
<META content="text/html; charset=gb2312" http-equiv=Content-Type>
<STYLE>
BLOCKQUOTE {
        MARGIN-BOTTOM: 0px; MARGIN-LEFT: 2em; MARGIN-TOP: 0px
}
OL {
        MARGIN-BOTTOM: 0px; MARGIN-TOP: 0px
}
UL {
        MARGIN-BOTTOM: 0px; MARGIN-TOP: 0px
}
P {
        MARGIN-BOTTOM: 0px; MARGIN-TOP: 0px
}
BODY {
        FONT-SIZE: 10.5pt; FONT-FAMILY: ËÎÌå; COLOR: #000000; LINE-HEIGHT: 1.5
}
</STYLE>

<META name=GENERATOR content="MSHTML 10.00.9200.16521"></HEAD>
<BODY style="MARGIN: 10px">
<DIV>Hi,colleagues:</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>I am using misopy-0.4.9 in&nbsp;single-end mode with&nbsp;--overhang-len 
4,&nbsp;however&nbsp;the&nbsp;background process shows that</DIV>
<DIV>misopy still use&nbsp;--overhang-len 1,&nbsp;is it right?</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>
<DIV>/usr/bin/python2.7&nbsp;/home/yup/lib64/python2.7/site-packages/misopy/run_miso.py&nbsp;--compute-genes-from-file&nbsp;1CF3_SE/batch-genes/batch-3_genes.txt&nbsp;1CF3.uniq_bam&nbsp;1CF3_SE&nbsp;--read-len&nbsp;101&nbsp;--overhang-len&nbsp;1&nbsp;--settings-filena</DIV>
<DIV>me&nbsp;/home/yup/lib64/python2.7/site-packages/misopy/settings/miso_settings.txt</DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<HR style="HEIGHT: 1px; WIDTH: 210px" align=left color=#b5c4df SIZE=1>

<DIV><SPAN>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 10.5pt; FONT-FAMILY: ËÎÌå; COLOR: #000000">
<DIV><SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 10.5pt; FONT-FAMILY: ËÎÌå; COLOR: #000000">
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US 
style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Verdana','sans-serif'">***************************************<o:p 
style="MARGIN-BOTTOM: 0px; MARGIN-TOP: 0px"></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US 
style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Verdana','sans-serif'">Peng Yu, Ph.D.<o:p 
style="MARGIN-BOTTOM: 0px; MARGIN-TOP: 0px"></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US 
style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Verdana','sans-serif'">Institute of 
Molecular Medicine<o:p 
style="MARGIN-BOTTOM: 0px; MARGIN-TOP: 0px"></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US 
style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Verdana','sans-serif'">Room 303, Yingjie 
Center<o:p style="MARGIN-BOTTOM: 0px; MARGIN-TOP: 0px"></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US 
style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Verdana','sans-serif'">Peking 
University<o:p style="MARGIN-BOTTOM: 0px; MARGIN-TOP: 0px"></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US 
style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Verdana','sans-serif'">Beijing 100871, 
China<o:p style="MARGIN-BOTTOM: 0px; MARGIN-TOP: 0px"></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US 
style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Verdana','sans-serif'">****************************************<o:p 
style="MARGIN-BOTTOM: 0px; MARGIN-TOP: 0px"></o:p></SPAN></P></SPAN></SPAN></DIV></SPAN></DIV></SPAN></DIV></BODY></HTML>