<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"><head><meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=us-ascii"><meta name=Generator content="Microsoft Word 12 (filtered medium)"><style><!--
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Looking for chromosome chr11 directories<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>Looking for MISO files in: /lab/page/frenchie/E14_Dazl_WTvsKO/MISO/Output_KO/chr11<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>Found ENSMUSG00000090266 MISO file.<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> - Location: /lab/page/frenchie/E14_Dazl_WTvsKO/MISO/Output_KO/chr11/ENSMUSG00000090266.miso<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>Searching for MISO files in: /lab/page/frenchie/E14_Dazl_WTvsKO/MISO/Output_WT<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> - Looking for chromosome chr11 directories<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>Looking for MISO files in: /lab/page/frenchie/E14_Dazl_WTvsKO/MISO/Output_WT/chr11<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>Found ENSMUSG00000090266 MISO file.<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> - Location: /lab/page/frenchie/E14_Dazl_WTvsKO/MISO/Output_WT/chr11/ENSMUSG00000090266.miso<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>Reading dimensions from settings...<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> - Height: 5.00<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> - Width: 7.00<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>Plotting read densities and MISO estimates along event...<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> - Event: ENSMUSG00000090266<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>Setting up plot using dimensions: [7.0, 5.0]<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>Using intron scale 30.0<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>Using exon scale 4.0<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>Traceback (most recent call last):<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> File "/usr/local/bin/plot.py", line 5, in <module><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> pkg_resources.run_script('misopy==0.4.8', 'plot.py')<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/distribute-0.6.34-py2.7.egg/pkg_resources.py", line 505, in run_script<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> self.require(requires)[0].run_script(script_name, ns)<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/distribute-0.6.34-py2.7.egg/pkg_resources.py", line 1245, in run_script<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> execfile(script_filename, namespace, namespace)<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/misopy-0.4.8-py2.7-linux-x86_64.egg/EGG-INFO/scripts/plot.py", line 341, in <module><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> main()<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/misopy-0.4.8-py2.7-linux-x86_64.egg/EGG-INFO/scripts/plot.py", line 335, in main<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> plot_label=plot_label)<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/misopy-0.4.8-py2.7-linux-x86_64.egg/EGG-INFO/scripts/plot.py", line 154, in plot_event<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> plot_label=plot_label)<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/misopy-0.4.8-py2.7-linux-x86_64.egg/misopy/sashimi_plot/plot_utils/plot_gene.py", line 683, in plot_density_from_file<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> plot_density(sashimi_obj, pickle_filename, event)<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/misopy-0.4.8-py2.7-linux-x86_64.egg/misopy/sashimi_plot/plot_utils/plot_gene.py", line 210, in plot_density<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> if plot_title is not None:<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>NameError: global name 'plot_title' is not defined<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>There must be something I’m doing wrond but I cannot figure out what…?<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>Thanks for your help!<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>Renaud<o:p></o:p></p></div></body></html>