[miso-users] Question on the --compare-samples output file

[Gao, James (NIH/NCI) [E]]

Hello Yarden,

I am working on a script to parse out the --compare-samples output file
(python run_miso.py --compare-samples SE/control/ SE/knockdown/
SE/comparisons/), and found out that for some events, the number of
isoforms reported in the sample1_counts and sample2_counts columns do not
always match the number reported in other columns. Such as in the record
below, both sample1_counts and sample2_counts contain 7 comma separated
numbers, whereas other columns contain 9. Is this type of output normal?

Thanks,

James


=======

ENSG00000182871	0.04,0.08,0.07,0.13,0.04,0.50,0.02,0.07,0.04	0.00,0.03,0.02
,0.02,0.00,0.25,0.00,0.02,0.02	0.11,0.18,0.17,0.29,0.15,0.67,0.10,0.17,0.09
	0.04,0.06,0.11,0.03,0.03,0.21,0.19,0.25,0.07	0.01,0.01,0.01,0.00,0.01,0.04
,0.07,0.04,0.03	0.16,0.16,0.35,0.09,0.07,0.51,0.35,0.45,0.15	0.00,0.03,-0.0
4,0.10,0.00,0.30,-0.17,-0.18,-0.03	0.08,0.25,0.21,0.27,0.09,1.91,12.03,1.33
,0.11	'exon:ENST00000359759:1_exon:ENST00000359759:2_exon:ENST00000359759:3
_exon:ENST00000359759:4_exon:ENST00000359759:5_exon:ENST00000359759:6_exon:
ENST00000359759:7_exon:ENST00000359759:8_exon:ENST00000359759:9_exon:ENST00
000359759:10_exon:ENST00000359759:11_exon:ENST00000359759:12_exon:ENST00000
359759:13_exon:ENST00000359759:14_exon:ENST00000359759:15_exon:ENST00000359
759:16_exon:ENST00000359759:17_exon:ENST00000359759:18_exon:ENST00000359759
:19_exon:ENST00000359759:20_exon:ENST00000359759:21_exon:ENST00000359759:22
_exon:ENST00000359759:23_exon:ENST00000359759:24_exon:ENST00000359759:25_ex
on:ENST00000359759:26_exon:ENST00000359759:27_exon:ENST00000359759:28_exon:
ENST00000359759:29_exon:ENST00000359759:30_exon:ENST00000359759:31_exon:ENS
T00000359759:32_exon:ENST00000359759:33_exon:ENST00000359759:34_exon:ENST00
000359759:35_exon:ENST00000359759:36_exon:ENST00000359759:37_exon:ENST00000
359759:38_exon:ENST00000359759:39_exon:ENST00000359759:40_exon:ENST00000359
759:41','exon:ENST00000355480:1_exon:ENST00000355480:2_exon:ENST00000355480
:3_exon:ENST00000355480:4_exon:ENST00000355480:5_exon:ENST00000355480:6_exo
n:ENST00000355480:7_exon:ENST00000355480:8_exon:ENST00000355480:9_exon:ENST
00000355480:10_exon:ENST00000355480:11_exon:ENST00000355480:12_exon:ENST000
00355480:13_exon:ENST00000355480:14_exon:ENST00000355480:15_exon:ENST000003
55480:16_exon:ENST00000355480:17_exon:ENST00000355480:18_exon:ENST000003554
80:19_exon:ENST00000355480:20_exon:ENST00000355480:21_exon:ENST00000355480:
22_exon:ENST00000355480:23_exon:ENST00000355480:24_exon:ENST00000355480:25_
exon:ENST00000355480:26_exon:ENST00000355480:27_exon:ENST00000355480:28_exo
n:ENST00000355480:29_exon:ENST00000355480:30_exon:ENST00000355480:31_exon:E
NST00000355480:32_exon:ENST00000355480:33_exon:ENST00000355480:34_exon:ENST
00000355480:35_exon:ENST00000355480:36_exon:ENST00000355480:37_exon:ENST000
00355480:38_exon:ENST00000355480:39_exon:ENST00000355480:40_exon:ENST000003
55480:41','exon:ENST00000423214:1_exon:ENST00000423214:2_exon:ENST000004232
14:3_exon:ENST00000423214:4_exon:ENST00000423214:5_exon:ENST00000423214:6',
'exon:ENST00000459895:1_exon:ENST00000459895:2_exon:ENST00000459895:3_exon:
ENST00000459895:4_exon:ENST00000459895:5_exon:ENST00000459895:6_exon:ENST00
000459895:7_exon:ENST00000459895:8','exon:ENST00000539645:1_exon:ENST000005
39645:2_exon:ENST00000539645:3_exon:ENST00000539645:4_exon:ENST00000539645:
5_exon:ENST00000539645:6_exon:ENST00000539645:7_exon:ENST00000539645:8_exon
:ENST00000539645:9_exon:ENST00000539645:10_exon:ENST00000539645:11_exon:ENS
T00000539645:12_exon:ENST00000539645:13_exon:ENST00000539645:14_exon:ENST00
000539645:15_exon:ENST00000539645:16_exon:ENST00000539645:17_exon:ENST00000
539645:18_exon:ENST00000539645:19_exon:ENST00000539645:20_exon:ENST00000539
645:21_exon:ENST00000539645:22_exon:ENST00000539645:23_exon:ENST00000539645
:24_exon:ENST00000539645:25_exon:ENST00000539645:26_exon:ENST00000539645:27
_exon:ENST00000539645:28_exon:ENST00000539645:29_exon:ENST00000539645:30_ex
on:ENST00000539645:31_exon:ENST00000539645:32_exon:ENST00000539645:33_exon:
ENST00000539645:34_exon:ENST00000539645:35_exon:ENST00000539645:36_exon:ENS
T00000539645:37_exon:ENST00000539645:38_exon:ENST00000539645:39_exon:ENST00
000539645:40','exon:ENST00000342220:1_exon:ENST00000342220:2_exon:ENST00000
342220:3_exon:ENST00000342220:4_exon:ENST00000342220:5_exon:ENST00000342220
:6_exon:ENST00000342220:7_exon:ENST00000342220:8_exon:ENST00000342220:9_exo
n:ENST00000342220:10_exon:ENST00000342220:11_exon:ENST00000342220:12_exon:E
NST00000342220:13_exon:ENST00000342220:14_exon:ENST00000342220:15_exon:ENST
00000342220:16_exon:ENST00000342220:17_exon:ENST00000342220:18_exon:ENST000
00342220:19_exon:ENST00000342220:20_exon:ENST00000342220:21_exon:ENST000003
42220:22_exon:ENST00000342220:23','exon:ENST00000400347:1_exon:ENST00000400
347:2_exon:ENST00000400347:3_exon:ENST00000400347:4_exon:ENST00000400347:5_
exon:ENST00000400347:6_exon:ENST00000400347:7_exon:ENST00000400347:8_exon:E
NST00000400347:9_exon:ENST00000400347:10_exon:ENST00000400347:11_exon:ENST0
0000400347:12_exon:ENST00000400347:13_exon:ENST00000400347:14_exon:ENST0000
0400347:15_exon:ENST00000400347:16_exon:ENST00000400347:17_exon:ENST0000040
0347:18_exon:ENST00000400347:19_exon:ENST00000400347:20_exon:ENST0000040034
7:21_exon:ENST00000400347:22_exon:ENST00000400347:23_exon:ENST00000400347:2
4_exon:ENST00000400347:25_exon:ENST00000400347:26_exon:ENST00000400347:27_e
xon:ENST00000400347:28_exon:ENST00000400347:29_exon:ENST00000400347:30_exon
:ENST00000400347:31_exon:ENST00000400347:32_exon:ENST00000400347:33_exon:EN
ST00000400347:34_exon:ENST00000400347:35_exon:ENST00000400347:36_exon:ENST0
0000400347:37_exon:ENST00000400347:38_exon:ENST00000400347:39_exon:ENST0000
0400347:40_exon:ENST00000400347:41','exon:ENST00000400337:1_exon:ENST000004
00337:2_exon:ENST00000400337:3_exon:ENST00000400337:4_exon:ENST00000400337:
5_exon:ENST00000400337:6_exon:ENST00000400337:7_exon:ENST00000400337:8_exon
:ENST00000400337:9_exon:ENST00000400337:10_exon:ENST00000400337:11_exon:ENS
T00000400337:12_exon:ENST00000400337:13_exon:ENST00000400337:14_exon:ENST00
000400337:15_exon:ENST00000400337:16_exon:ENST00000400337:17_exon:ENST00000
400337:18_exon:ENST00000400337:19_exon:ENST00000400337:20_exon:ENST00000400
337:21_exon:ENST00000400337:22_exon:ENST00000400337:23_exon:ENST00000400337
:24_exon:ENST00000400337:25_exon:ENST00000400337:26_exon:ENST00000400337:27
_exon:ENST00000400337:28_exon:ENST00000400337:29_exon:ENST00000400337:30_ex
on:ENST00000400337:31_exon:ENST00000400337:32_exon:ENST00000400337:33_exon:
ENST00000400337:34_exon:ENST00000400337:35_exon:ENST00000400337:36_exon:ENS
T00000400337:37_exon:ENST00000400337:38_exon:ENST00000400337:39_exon:ENST00
000400337:40_exon:ENST00000400337:41_exon:ENST00000400337:42','exon:ENST000
00473212:1_exon:ENST00000473212:2_exon:ENST00000473212:3_exon:ENST000004732
12:4_exon:ENST00000473212:5'	(0,0,0,0,0,0,0,0,0):1224,(0,0,0,0,0,0,0,0,1):2
,(1,1,0,0,0,0,0,1,0):2,(1,1,0,0,1,0,1,1,0):4,(1,1,0,0,1,1,1,1,0):47,(1,1,0,
0,1,1,1,1,1):2,(1,1,1,0,1,1,1,1,1):1	0:1,1:9,2:0,3:0,4:1,5:39,6:3,7:3,8:2	(
0,0,0,0,0,0,0,0,0):752,(0,0,0,0,0,0,0,0,1):1,(0,0,1,0,0,0,0,0,0):1,(1,1,0,0
,1,0,1,1,0):12,(1,1,0,0,1,1,1,1,0):39,(1,1,0,0,1,1,1,1,1):4,(1,1,1,0,1,1,1,
1,1):2	0:0,1:3,2:2,3:0,4:3,5:8,6:27,7:15,8:1	chr21	NA	46875424,46875403,469
25272,46913109,46875445,46910189,46825088,46825052,46925933	46933633,469336
34,46932177,46917726,46933633,46933634,46933633,46933634,46932481